PWTR,
1. CAF通常得查询电路板的Gerber设计有无较近的导通孔或是导通孔与线路，这个与pad到pad距离关系不大。
2. 锡膏的助焊剂一般就只能检测SIR，找实验室就可以检测了，规格可以参考IPC-TM-650 2.6.3.3B。但是规格仅是参考用，要看自己的设计如何才是根本。
3. 如果怀疑助焊剂，建议可以先找锡膏供应商，研究更换有高SIR的锡膏，但焊性会变差。

PWTR,
其实我个人很想了解，为何你认为这是制程问题？
从你描述的现象有可能是助焊剂残留，加上高温与潮湿造成高低电压间的微短路，其实还有另外一个可能是PCB内层的CAF微短路，可以自行查询CAF现象。但这必须加以验证才能证实，猜测并不能完全解决问题。
现在的SMT几乎都是免洗制程，所以多多少少都会有助焊剂残留，其实SMT产线的人员根本就没几个人了解产品真正的用途，如果说助焊剂可能导致微短路问题，这些其实都是设计者应该要注意的事情，也就是在其设计之初採用零件的时候就该注意是否会有这些现象，BGA零件的焊点在零件的下方，助焊剂根本就不太可能完全挥发，残留是一定有的。当产品使用上有特殊需求时，应该要在规格上特别註明可以採用的制程条件，比如说规定锡膏的型号（锡膏可以考虑有高SIR的型号，但是焊接效果会比较差）。
如果验证后是助焊剂的问题，解决方法就是避免微路，可以考虑
1)SMT 后清洗，但是某些零件不可以清洗。
2)也可以考虑使用底部填充胶(underfill)来避免湿气影响，增加绝缘阻抗。
3)从设计上解决，尽量将可能微断路的焊点移开。